Die Johannes-Gigas-Schule ist eine Ganztagsschule. Das heißt, dass alle Schülerinnen und Schüler an drei Nachmittagen in der Woche unterrichtet werden: Montags, mittwochs und donnerstags bleiben die Mädchen und Jungen verlässlich bis 15 Uhr in der Schule.
An den drei o.g. Wochentagen mit Ganztagsbetrieb erfolgt eine intelligente Rhythmisierung des gesamten Tages: Unterricht laut Stundentafel, Förder- und Forderunterricht, verbindliche Zusatzangebote, eine Auswahl von Arbeitsgemeinschaften, individuelle Lernzeiten, Klassenlehrerstunden usw. werden sinnvoll kombiniert.

Der Ganztagsbetrieb  gewährleistet, dass nach 15.00 Uhr kein Schüler mehr Hausaufgaben zum nächsten Tag zu erledigen hat, sodass genügend Zeit für Familie, Hobbys, Freunde vorhanden ist. Andere Organisationsformen wie Freiarbeit, Projektarbeit, Wochenpläne, individuelle Lernzeit o.Ä. ergänzen den Ganztagsbetrieb sinnvoll .

In der 60minütigen Mittagspause erhalten die Schüler/innen Gelegenheit zu einem warmen Mittagessen in der Mensa und/oder nutzen verschiedene Angebote von Lehrern oder externen Mitarbeitern (Selbstlernzentrum, Schülerbücherei, Aula, Sporthalle). Die bereits etablierten Angebote externer Mitarbeiter (Bibliothekarin, Job-Coach, Schulsozialarbeiter) werden ständig verändert und nach Bedarf ausgebaut (z.B. durch Honorarkräfte der örtlichen Sportvereine, Musikschule oder Eltern mit interessanten Hobbys).