Die Johannes-Gigas-Schule in Lügde entstand am 1. August 2008 durch den Zusammenschluss der bis dahin eigenständigen Hauptschule und Realschule.
Zum 1. August 2013 wurde diese Verbundschule in eine Sekundarschule umgewandelt. Das bedeutet, dass alle Mädchen und Jungen ab der 5. Klasse aufsteigend gemeinsam und nicht mehr nach Schulformen getrennt unterrichtet werden. Ein Sitzenbleiben ist bis zur 8. Klasse ausgeschlossen, es gilt das Prinzip Fordern und Fördern. Erst ab der Klasse 6 und ab dann in zunehmendem Umfang werden die Klassenverbände nach Neigung und/oder Leistungsfähigkeit stundenweise aufgelöst. Das ermöglicht den Mädchen und Jungen, jeden Schulabschluss der Sekundarstufe I am Ende der Klasse 10 erreichen zu können.

Mit dem Schuljahr 2015/16 wurde die Johannes-Gigas-Schule eine "Schule des Gemeinsamen Lernens". Das heißt, dass  auch Mädchen und Jungen mit Behinderungen, aufsteigend ab Klasse 5, aufgenommen werden können. Lehrkräfte der Förderschule Blomberg unterstützen dafür die unterrrrichtliche Arbeit des Kollegiums.
 
Die Johannes-Gigas-Schule ist eine Ganztagsschule. Neben Unterricht in den gewohnten Fächern stehen dafür z.T. außerschulische Mitarbeiter zur Verfügung, die wechselnde attraktive Angebote wie Tanz, Golf, Bläser- und Gitarrenunterricht und Projekte wie „Starke Jungen“, „Mädchenförderung“ und „Berufsfelderkundung“ anbieten.
Zum Ganztagsangebot gehört auch die „Lernzeit“, in der die Schülerinnen und Schülern an festgelegten Stunden unter Aufsicht eines (Fach-)Lehrers selbstständig arbeiten und lernen. Das entlastet die häusliche Arbeit, die „klassischen“ Hausaufgaben entfallen an den Tagen mit Nachmittagsunterricht..
In der Mittagspause können die Mädchen und Jungen in die Mensa, das Selbstlernzentrum oder die Schülerbücherei gehen oder aber an der Übermittagsbetreuung teilnehmen, die in der Aula und der Sporthalle stattfindet.